Nascono sulle ceneri dei Mother Love Bone, di cui facevano parte Jeff Ament e Stone Gossard, che dismisero il nome del gruppo dopo la morte per overdose del cantante Andrew Wood. Ingaggiato il chitarrista Mike McCready e il batterista Dave Krusen, iniziarono a scrivere musiche mentre erano alla ricerca di un nuovo frontman. Tramite l'ex batterista dei Red Hot Chili Peppers, un nastro contenente le musiche di cinque canzoni, giunse fino a San Diego, dove in quel periodo risiedeva e lavorava presso una pompa di benzina Eddie Vedder che incise sopra tre di esse ( che divennero poi Alive, Footsteps ed Once ), che ribattezzò Mamasan Tape, la propria voce e rispedì il nastro a Seattle. Gossard ed Ament ascoltarono il nastro invitarono Vedder a raggiungerli a Seattle e il gruppo, dopo una settimana, era al completo. Nell' Ottobre 1990 i 5, si esibiscono per la prima volta dal vivo all' OFF Ramp di Seattle con il nome di Mookie Blaylock ( nome preso in prestito da un giocatore di Basket dei NJ Nets ). Con il nome di Pearl Jam, il gruppo inizia la registrazione del primo lavoro e un tour nella costa orientale come gruppo spalla degli Alice in Chains. Sul nome del gruppo esiste una leggenda metropolitana, secondo la quale Pearl Jam sarebbe riferito ad una fantomatica marmellata di nonna Pearl, presunta nonna di Vedder, fatta con peyote. Mentre il gruppo é ancora al lavoro per il loro album d'esordio, hanno anche il tempo per commemorare attraverso il progetto Temple of the Dog, il compianto amico Andrew Wood e per prendere parte alle riprese del film Singles, del quale il gruppo partecipa sia alla colonna sonora con le canzoni Breath e State Love and Trust, che con una piccola parte in cui interpretano la band Citizen Dick. Il 25 Maggio 1991 il gruppo suona al RKCNDY di Seattle alla festa, in occasione del termine delle riprese del film e subito dopo la festa, Dave Krusen lascia la band. Sostituito da Dave Abruzzese quattro giorni dopo suonano davanti ad un pubblico di 4000 persone al Mural Amphitheater di Seattle. Nell'agosto 1991, esce negli USA, il primo lavoro della band Ten, prodotto da Rick Parashar, e così chiamato dal numero di maglia di Mookie Blaylock. Il 16 Ottobre 1991 i PJ iniziano il loro tour negli USA a Madison, come spalla dei Red Hot Chili Peppers, e lo terminano il giorno di Capodanno a San Francisco suonando insieme ai Red Hot Chili Peppers e i Nirvana. Inizia subito a Natale del 1991, lo speciale ed unico in tutto il panorama musicale, rapporto che contraddistingue la band, con i propri fans riuniti in quello che si chiama Ten Club, ai quali il gruppo rilascia un singolo con due canzoni inedite Let Me Sleep (Christmas Time) e Rambling. Il 1992 è l'anno dei concerti in Italia, il gruppo suona il 18 Febbraio al Sorpasso di Milano e il 26 Giugno al City Square, sempre di Milano. Il 26 Giugno è anche il giorno dell'uscita per la Epic della colonna sonora di Singles. Continua anche quest'anno, la tradizione del disco natalizio per i propri fan. Il gruppo incide un disco che contiene "Who Killed Rudolph?", e le cover Sonic Reducer e Rambling Again dei Dead Boys.

Considerati la seconda più importante band del grunge, dopo i Nirvana, sopravvivono alla fine di questo genere, sancita dalla morte di Kurt Cobain (a cui è dedicata la canzone Last Exit, sul terzo album Vitalogy) e divengono una delle più importanti band di rock degli USA, pubblicando dischi molto legati al rock degli anni '70 che, seppure ottimi, non raggiungeranno mai le vette dei primi due album. Caratteristica importante del gruppo è il rapporto con i fan, a cui riservano oltre al già citato disco natalizio, il progetto quasi folle di vendere bootleg ufficiali di ogni concerto.

L'impegno politico è stata una caratteristica dei Pearl Jam degli ultimi anni, soprattutto in opposizione al neoconservatorismo di George W. Bush, in sostegno prima al candidato dei verdi Ralph Nader e, nelle elezioni 2004, allo sfidante democratico (perdente) John Kerry.